Comme son père, il fut nommé gouverneur de la province de Nsundi. Cette province qui enjambait le fleuve Congo au nord est du royaume (actuel sud des régions de la Bouenza et du Pool) avait une signification particulière: elle était le lieu d’origine de la ligné du roi, à tel point qu’elle était considéré comme la propriété personnelle et privée de la famille du roi; aussi, c’est de Nsundi et des voisins téké, que venait l’essentiel du fer utilisé dans le royaume. Avec le fer on forge des armes, avec les armes on fait la force du pays. D’ailleurs le métier de la famille royale était celui de Ngangula, en français forgeron. Donc une province stratégique. L’habitude faisait que le futur roi devait y avoir fait ses preuves. La simple nomination comme gouverneur de Nsundi signifiait déjà, successeur désigné du roi!    Sans compter la réputation de ses femmes et de ses guerriers, excellents athlètes dont beaucoup faisaient la garde rapprochée du Mwene Kongo.

A la mort du roi Jean Ier Nzinga Nkuvu, la mère d’Alphonse craignant que Mpanza et les conservateurs (restés majoritaire à Mbanza Kongo)  ne prennent le trône, dissimula le décès le temps d’avertir son fils. Si bien que lorsque la nouvelle fut officiellement annoncée, Mbemba était déjà aux portes de la capitale avec l’ensemble de ses troupes, les plus nombreuses et les plus expérimentées du royaume à l’époque. Il fut élu roi malgré les protestations de son frère Mpanzu et grâce aux armes des portugais qui soutenaient le progressiste qu’ils voyaient en lui. Une fois roi, Mbemba gouverna avec des prêtres portugais qui le radicalisèrent dans sa foi et dans l’occidentalisation du pays. Son cousin maternel Mpanza, opposé à la christianisation, leva une armée pour prendre le pouvoir avec le soutien de tous les conservateurs anti-occidentalisation alors majoritaires. Lors de la bataille qui s’ensuivit entre les troupes des deux frères, Mpanzu fut vaincu, parait-il grâce à l’apparition de Saint-Jacques-le-Majeur dans le ciel, venu au secours de Mbemba qui l’avait invoqué en prière. Ce qui mit les armées de Mpanzu en débâcle. Afonso Ier MBemba Nzinga immortalisera cet évènement par un blason que les rois du Kongo utiliseront pendant 3 siècles au cours des guerres, jusqu’en 1860.

Outre le fait que c’est sous son règne que les portugais commencèrent l’esclavage (sur des voisins, ennemis du Kongo ou prétendus sauvages) son règne fut celui d’un érudit. On dit qu’il lisait tous les jours jusqu’à épuisement. Il créa dès 1509 une grande école à Mbanza Kongo, l’Ecole royale, avec 400 étudiants triés parmi les nobles et qui dès 1516 comptait plus de 1000 étudiants. On y apprenait les lettres, les mathématiques, et la théologie. Plus tard elle aura un rôle plus universitaire, cédant à d’autres écoles moyennes implantées dans les provinces le rôle de la formation de base. Une de ses soeurs ouvre à la même époque une école pour les filles. Une autre partie de l’élite (quelques dizaines d’individus) est formée au Portugal. Son fils, Henrique (Henri en français), alla étudier dans un séminaire au Portugal dès 1508, fut prêtre puis élevé évêque d’Utique (Tunisie, près de Bizerte) le 5 mai 1518. Il regagna le Kongo en 1520 ou il fut nommé gouverneur de Mpangu tout en exerçant sa charge ecclésiastique jusqu’à sa mort en 1531. Un autre, neveu du roi, étudia à Lisbonne et y fut professeur des humanités (particulièrement en linguistique et philosophie kongo).

Poste de missionnaires en pays Kongo, Probablement peint par un kongo autochtone en 1740 (Turin, Bibliothèque civique. ).

Il est le premier roi africain reconnu par une nation européenne et par le pape d’où il eut le droit d’avoir son propre ambassadeur auprès de ce dernier. Il construisit des églises, modernisa son administration fiscale et tenta de créer des manufactures locales. On connait les moindres détails du règne de Mbemba ya Nzinga Afonso 1er, grâce aux très nombreuses et longues lettres qu’il envoyait au roi du Portugal pour expliquer ses besoins, mais aussi se plaindre du comportement de nombreux fonctionnaires portugais. Ces lettres témoignent de la croissance des appétits portugais sur son royaume, et aussi de sa propre boulimie du développement par les produits européens, qui a favorisé la dépendance de son pays et de la sous-région à l’esclavage. C’était la seule monnaie d’échange qui intéressait les portugais. Lorsqu’il se plaint de la dépopulation et du fait que les portugais enlèvent des enfants purs kongos et des fils de nobles issus de ses vassaux (le mot vassal se dit « protégé » en koongo), il est trop tard. Il se bat pour organiser et règlementer chaque activité des portugais, mais il ne tient que difficilement, ceux ci s’étant bien implanté sur l’île de Sao Tome et commencèrent même à prendre racine au sud du royaume, l’Angola. En 1539 Afonso subit un attentat qui tua deux notables. Les coupables sont portugais. Il meurt en 1543.